私ども梅干しを専門に漬け込む農家はヘタをとらずに漬け込み作業をします。漬け込むとある程度は自然にヘタが取れてしまいますので、タルから出して天日干しした後、別容器などに入れる時に取った方が効率的かも知れません。
もちろん最初にへタをとっても問題はありません。
※ご自宅で召し上がるのでしたら、召し上がる直前にとっても、まったく問題ないと思います。